Desde muy joven mostró un gran interés por las Ciencias Naturales, especialmente por la botánica. En 1909 se trasladó a Barcelona para estudiar Medicina, carrera en la que pronto destacó por su brillantez académica y por una gran vocación investigadora. Se licenció en 1915 con la calificación de sobresaliente y, mientras estudiaba, trabajó como preparador anatómico y alumno interno en el Hospital de la Santa Cruz, donde entró en contacto con la urología, la disciplina que marcaría su vida profesional.
En 1919 defendió su tesis doctoral y comenzó su trayectoria docente como profesor auxiliar de Anatomía. Su carrera académica se consolidó en los años siguientes: en 1926 obtuvo la Cátedra de Anatomía en la Universidad de Salamanca, aunque pronto regresó a Barcelona. En 1928 ganó por concurso la Cátedra de Anatomía de la Universidad de Barcelona y asumió también la enseñanza de Urología en el Hospital Clínico, convirtiéndose en un referente en la formación de nuevas generaciones de médicos.
Su afán de progreso le llevó a participar activamente en congresos internacionales. En 1933, durante el Congreso Internacional de Urología celebrado en Londres, realizó una prostatectomía en el Hospital de Saint Paul, convirtiéndose en el primer urólogo español en operar fuera de España, un hito que lo situó en el panorama internacional de la especialidad.
La Guerra Civil interrumpió bruscamente su labor. En 1936 fue destituido de sus cargos y obligado a exiliarse. Pasó un tiempo en Francia e Italia, donde colaboró en la fundación de la Sociedad de Urología del Mediterráneo. No regresó a Barcelona hasta 1939, momento en que pudo reincorporarse a su cátedra y retomar su labor docente y clínica.
A lo largo de las décadas siguientes, Gil Vernet consolidó una auténtica escuela urológica en Barcelona. Su impulso fue decisivo para que en 1954 se reconociera oficialmente la Escuela Profesional de Urología del Hospital Clínico de Barcelona, considerada la semilla de la urología moderna en España. Su obra y su magisterio dejaron una profunda huella en la medicina española, no solo por su excelencia quirúrgica, sino también por su visión académica y su capacidad de formar discípulos.